Ръководство
Изпълнителният директор на Национална агенция за приходите ръководи и представлява Агенцията, като при дейността си се подпомага от заместник изпълнителни директори. Административното ръководство на Агенцията се осъществява от главен секретар.
Управителен съвет
Управителният съвет на НАП се състои от министъра на финансите, управителя на Националния осигурителен институт, управителя на Националната здравноосигурителна каса, заместник-министър на финансите, определен от министъра на финансите, и изпълнителния директор на агенцията.
Централно управление
Централно управление на НАП подпомага дейността на изпълнителния директор по планирането, организирането, ръководството и контрола на цялостната дейност на Агенцията.
Териториални дирекции на НАП
Национална агенция за приходите има шест териториални дирекции в София, Пловдив, Велико Търново, Варна и Бургас и Териториална дирекция "Големи данъкоплатци и осигурители", които администрират републиканските данъци и задължителните осигурителни вноски.
Дирекции „Обжалване и данъчно-осигурителна практика”
Национална агенция за приходите има пет дирекции „Обжалване и данъчно-осигурителна практика” в София, Пловдив, Велико Търново, Варна и Бургас. В дирекции ОДОП се разглеждат жалби срещу индивидуални административни актове и действия на органи по приходите, които според закона подлежат на оспорване пред директора на дирекцията.
Офиси на НАП
Офисите на Агенцията осъществяват обслужването на данъкоплатците и осигурителите в териториалния обхват и обхват на дейност на съответната териториална дирекция.