От 1 януари 2006 г. НАП започва реално да функционира, като обединява събирането и обслужването на републиканските данъци (данък върху доходите, патентни данъци, ДДС, корпоративни данъци) и задължителните осигурителни вноски (здравни, вноските за пенсия, вноските за допълнително задължително пенсионно осигуряване и др.).
Администрирането на акцизите премина в правомощията на Агенция Митници от средата на годината.
В изпълнение на решение на Правителството е извършено съкращение на персонала в НАП и числеността на работещите в администрацията е определена на 7 976 щатни бройки. Внедрена е система “Интрастат” за събиране на данни от ДДС-регистрирани лица за осъществената от тях търговия със стоки в рамките на Европейския съюз.
Внедрена е българската информационна система за обмен на информация по ДДС с държавите от Европейския съюз – VIES.
От началото на 2010 г. в НАП се влива Агенцията за държавни вземания. С тази промяна приходната агенция започва да събира всички публични и частни държавни вземания. НАП пое и задълженията да представлява държавата в производства по несъстоятелност.